Il est le principal artisan de la Réforme grégorienne, tout d'abord en tant que conseiller du pape Léon IX et de ses successeurs et bien entendu sous son pontificat.
Cette réforme de l'Église entend purifier les mœurs du clergé (obligation du célibat des prêtres, lutte contre le nicolaïsme) et lutter contre la simonie, le trafic des bénéfices et notamment des évêchés, ce qui provoque un conflit majeur avec l'empereur Henri IV. Celui-ci considère comme vital de donner l'investiture aux évêques. Au cours de la querelle des investitures, Grégoire VII oblige l'empereur excommunié à faire une humiliante pénitence à Canossa. Cependant cet épisode ne suffit pas à régler le conflit et Henri reprend l'avantage en assiégeant le pape réfugié au château Saint-Ange. Libéré par les Normands, le pape est chassé de Rome par la population, excédée par les excès de ses alliés. Grégoire VII meurt exilé à Salerne, le .
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