Lignées Pango

Lignées Pango
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Crédit image:
Áine O'Toole
licence GPLv3 🛈

Informations
Dernière version 4.3.1 ()[1]
Dépôt github.com/cov-lineages/pangolin
Écrit en Python
Type Base de données biologiques
Licence Licence publique générale GNU version 3
Site web pangolin.cog-uk.io

- - (aide)

Lignées Pango ou Attribution phylogénétique des lignées d'épidémies mondiales nommées (PANGOLIN) est un outil logiciel développé par les membres du laboratoire Rambaut, et l'application Web associée[2]. Son objectif est de mettre en œuvre la nomenclature dynamique des lignées SARS-CoV-2, connue sous le nom de nomenclature Pango[3]. Un utilisateur avec une séquence génomique complète d'un échantillon de SARS-CoV-2 peut utiliser l'outil pour soumettre cette séquence, qui est ensuite comparée à d'autres séquences génomiques, et assignée à la lignée la plus probable (Lignées Pango)[4].

Contexte

Une lignée Pango est décrite comme un groupe de séquences associées à un événement épidémiologique, par exemple l'introduction du virus dans une zone géographique distincte avec des preuves de propagation[3].

L'outil et le système de nomenclature sont largement utilisés pendant la Pandémie de Covid-19[3],[5].

Notes et références

Références

  1. ↑ « Release 4.3.1 », (consulté le )
  2. ↑ « Real-Time Epidemiology for COVID-19 », www.pathogensurveillance.net (consulté le )
  3. ↑ a b et c Rambaut, A., Holmes, E.C., O’Toole, Á. et al., « A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology », Nature Microbiology, vol. 5, no 11,‎ , p. 1403–1407 (PMID 32669681, DOI 10.1038/s41564-020-0770-5, lire en ligne Accès libre).
  4. ↑ « Pangolin web application release », virological.org, (consulté le )
  5. ↑ Pipes, Wang, Huelsenbeck et Nielsen, « Assessing Uncertainty in the Rooting of the SARS-CoV-2 Phylogeny », Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP),‎ (ISSN 0737-4038, DOI 10.1093/molbev/msaa316, lire en ligne Accès libre)

Voir aussi

Articles connexes

SARS-CoV-2 (13)
Logiciel (131)
Logiciel écrit en Python (239)
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