Au Tour de Thuringe, la première étape voit la victoire d'un groupe d'échappée avec Pernille Mathiesen dedans. Elles passent la ligne d'arrivée avec six minutes d'avance sur le peloton[5]. Dans le contre-la-montre,
Pernille Mathiesen est quatrième, mais ne reprend que quatre secondes à Kathrin Hammes. Le lendemain, les bonifications étant prises par l'échappée, Pernille Mathiesen reste à la seconde place du classement général. Elle est aussi meilleure jeune[6]. Elle est huitième du championnat d'Europe du contre-la-montre. Sur La Madrid Challenge by La Vuelta, elle est troisième du contre-la-montre de la première étape[7].
2022
Victime de troubles de l'alimentation et de problèmes de santé mentale, elle annonce mettre un terme à sa carrière le [8].