Naveen John découvre le cyclisme en 2008, au cours d'un voyage étudiant dans les montagnes de l'Arkansas[1]. Il est alors âgé de 22 ans, et effectue sa seconde année universitaire à l'Université Purdue, aux États-Unis. Ayant grandi au Koweït, il n'a jusque-là jamais pratiqué de sport, et pèse aux alentours de 100 kilos[2]. Durant cette période, il court entre 15 000 et 25 000 kilomètres par an, à l'entraînement et sur des courses universitaires, et perd rapidement du poids[3]. En 2010, il est notamment troisième du Tour de Olmsted, dans sa catégorie[4]. En 2012, il obtient son bachelor en génie électrique. À son retour en Inde, il décide de commencer sérieusement l'entraînement et la compétition[1],[3]. Pour ses débuts dans son pays natal, il se classe quatrième du championnat d'Inde[1].
En 2014, il est sacré champion d'Inde du contre-la-montre. L'année suivante, il intègre l'équipe britannique Kingsnorth International Wheelers. Avec elle, il reçoit l’opportunité de participer à plusieurs kermesses en Belgique.
En 2016, il devient le premier cycliste indien à rejoindre une structure internationale, en signant dans l'équipe continentale australienne State of Matter MAAP[1]. Il ne dispute cependant aucune course officielle avec cette formation. En octobre, il devient le premier cycliste indien dans l'histoire à participer aux championnats du monde, en compagnie de son compatriote Arvind Panwar. Engagé sur le contre-la-montre, il se classe 55e sur 66 concurrents, à près de huit minutes du vainqueur Tony Martin[5].
En 2017, Naveen John confirme son statut d'étendard du cyclisme national en devenant double champion d'Inde, en ligne et du contre-la-montre[6]. En début d'année 2018, il se classe dixième du contre-la-montre individuel aux championnats d'Asie[7].