GenGIS

GenGIS
Biodiversité de 19 métagénomes de la mission Global Ocean Sampling Expedition
Biodiversité de 19 métagénomes de la mission Global Ocean Sampling Expedition

GenGIS[1] est un logiciel open source gratuit[2] qui permet d'intégrer, de visualiser et d'analyser des données géographiques, écologiques et phylogénétiques dans un seul système d'information géographique. Une des principales fonction de GenGIS est la détermination des axes géographiques correspondant à des voies de migration ou à des gradients responsable des similarités entre communautés[3]. Les données peuvent également être explorées à l'aide de représentations graphiques synthétiques site par site. Des tests standards statistiques tels que les régressions linéaires ou la théorie des graphes extrémaux sont fournis dans le logiciel. Il est possible de rédiger ses propres scriptes en langue R ou en python directement à l'intérieur de GenGIS. Depuis sa sortie, GenGIS a été notamment utilisé pour étudier la phylogéographie de virus, de bactériophages, de bactéries et d'eucaryotes. Pour les données géographiques, les fichiers en vecteurs ou en raster sont supportés.

Voir aussi

Références

  1. DH Parks, Porter M, Churcher S, Wang S, Porter M, Porter M, Porter M, Porter M, Porter M et Porter M, « GenGIS: A geospatial information system for genomic data », Genome Research, vol. 19,‎ , p. 1896–1904 (PMID 19635847, PMCID 2765287, DOI 10.1101/gr.095612.109, lire en ligne)
  2. Donovan H. Parks, Timothy Mankowski, Somayyeh Zangooei et Michael S. Porter, « GenGIS 2: Geospatial Analysis of Traditional and Genetic Biodiversity, with New Gradient Algorithms and an Extensible Plugin Framework », PLOS ONE, vol. 8, no 7,‎ , e69885 (ISSN 1932-6203, PMID 23922841, PMCID PMC3726740, DOI 10.1371/journal.pone.0069885, lire en ligne, consulté le 26 juin 2017)
  3. DH Parks et Beiko RG, « Quantitative visualizations of hierarchically organized data in a geographic context », Geoinformatics, Fairfax, VA,‎ , p. 1–6 (lire en ligne)

Liens externes

  • GenGIS page d'accueil officielle